1988年1月，廣東實行市管縣體制，梅縣地區改為梅州市；3月，梅縣市建置撤銷，原梅縣市的行政區分設為梅縣和縣級梅江區，梅江區由原梅縣市城區5個辦事處（金山、東山、黃塘、五洲、江南）和城郊5個鄉鎮（城北、東郊、西郊鄉和長沙、三角鎮）組建而成，為梅州市直轄縣級區，治所在梅城江北仲元東路51號。
1989年，黃塘辦事處因城區有上黃塘、下黃塘、黃塘居委等名稱，容易混淆，經省政府批準，將黃塘辦事處改名城西辦事處。
1998年，按省政府規定，理順農村基層管理體制，撤銷管理區辦事處，設立村民委員會。全區60個管理區改設60個行政村。
1999年，經省政府批準，撤銷城北鄉、東郊鄉、西郊鄉建置，設立城北鎮、東郊鎮、西郊鎮。
2002年7月，經省政府批準，梅江區部分鎮、辦事處行政區劃進行調整。撤銷東山街道辦事處、東郊鎮將其行政區域并入金山街道，撤銷西郊鎮、城西街道辦事處，設立西郊街道，撤銷五洲街道辦事處，將其行政區域并入城北鎮。調整后，梅江區轄長沙、三角和城北3個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄54個行政村和38個社區。
2012年9月23日，經省人民政府同意，省民政廳印發《廣東省民政廳關于同意梅縣西陽鎮劃歸梅州市梅江區管轄的批復》，同意梅縣西陽鎮劃歸梅州市梅江區管轄。調整后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和42個社區。
2014年7月，三角鎮新設客天下社區，三鄉社區。設立后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和44個社區。
2015年1月，金山街道新設碧桂園社區。設立后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和45個社區。
2018年9月，金山街道新設群福社區，三角鎮新設同心社區。設立后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和47個社區。
2019年12月，三角鎮新設龍東社區。設立后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和48個社區。
2022年12月，梅江區人民政府印發《梅州市梅江區人民政府關于設立梅州市梅江區三角鎮利園社區居民委員會和梅州市梅江區西郊街道瑞興社區居民委員會的批復》，同意三角鎮新設利園社區，西郊街道新設瑞興社區。2023年8月，利園社區居民委員會完成選舉。2024年1月，瑞興社區居民委員會完成選舉。2個社區居民委員會完成選舉后，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和50個社區。
梅州市梅江區人民政府