1988年1月，廣東實行市管縣體制，梅縣地區(qū)改為梅州市；3月，梅縣市建置撤銷，原梅縣市的行政區(qū)分設(shè)為梅縣和縣級梅江區(qū)，梅江區(qū)由原梅縣市城區(qū)5個辦事處（金山、東山、黃塘、五洲、江南）和城郊5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)（城北、東郊、西郊鄉(xiāng)和長沙、三角鎮(zhèn)）組建而成，為梅州市直轄縣級區(qū)，治所在梅城江北仲元東路51號。

　　1989年，黃塘辦事處因城區(qū)有上黃塘、下黃塘、黃塘居委等名稱，容易混淆，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，將黃塘辦事處改名城西辦事處。

　　1998年，按省政府規(guī)定，理順農(nóng)村基層管理體制，撤銷管理區(qū)辦事處，設(shè)立村民委員會。全區(qū)60個管理區(qū)改設(shè)60個行政村。

　　1999年，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，撤銷城北鄉(xiāng)、東郊鄉(xiāng)、西郊鄉(xiāng)建置，設(shè)立城北鎮(zhèn)、東郊鎮(zhèn)、西郊鎮(zhèn)。

　　2002年7月，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，梅江區(qū)部分鎮(zhèn)、辦事處行政區(qū)劃進行調(diào)整。撤銷東山街道辦事處、東郊鎮(zhèn)將其行政區(qū)域并入金山街道，撤銷西郊鎮(zhèn)、城西街道辦事處，設(shè)立西郊街道，撤銷五洲街道辦事處，將其行政區(qū)域并入城北鎮(zhèn)。調(diào)整后，梅江區(qū)轄長沙、三角和城北3個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄54個行政村和38個社區(qū)。

　　2012年9月23日，經(jīng)省人民政府同意，省民政廳印發(fā)《廣東省民政廳關(guān)于同意梅縣西陽鎮(zhèn)劃歸梅州市梅江區(qū)管轄的批復(fù)》，同意梅縣西陽鎮(zhèn)劃歸梅州市梅江區(qū)管轄。調(diào)整后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和42個社區(qū)。

　　2014年7月，三角鎮(zhèn)新設(shè)客天下社區(qū)，三鄉(xiāng)社區(qū)。設(shè)立后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和44個社區(qū)。

　　2015年1月，金山街道新設(shè)碧桂園社區(qū)。設(shè)立后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和45個社區(qū)。

　　2018年9月，金山街道新設(shè)群福社區(qū)，三角鎮(zhèn)新設(shè)同心社區(qū)。設(shè)立后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和47個社區(qū)。

　　2019年12月，三角鎮(zhèn)新設(shè)龍東社區(qū)。設(shè)立后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和48個社區(qū)。

　　2022年12月，梅江區(qū)人民政府印發(fā)《梅州市梅江區(qū)人民政府關(guān)于設(shè)立梅州市梅江區(qū)三角鎮(zhèn)利園社區(qū)居民委員會和梅州市梅江區(qū)西郊街道瑞興社區(qū)居民委員會的批復(fù)》，同意三角鎮(zhèn)新設(shè)利園社區(qū)，西郊街道新設(shè)瑞興社區(qū)。2023年8月，利園社區(qū)居民委員會完成選舉。2024年1月，瑞興社區(qū)居民委員會完成選舉。2個社區(qū)居民委員會完成選舉后，梅江區(qū)轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮(zhèn)和金山、西郊、江南3個街道，下轄81個行政村和50個社區(qū)。