梅州城區原是程鄉縣（今梅江區）治所在地，向稱梅城。南朝齊置程鄉縣至宋初設梅州500多年間，州、縣皆無城。宋皇祐四年（1052）始在今梅城江北筑土城，周圍長450.3丈（約1499米）。明洪武十八年（1385）拆西城垣，擴辟縣城，周圍長985丈（約3250米）。清雍正十一年（1733），程鄉升為直隸嘉應州。清末，嘉應州城區擴大。轄東街、西街2堡。東街轄一甲至十甲及金山甲、攀桂坊，西街轄一甲至十甲及曾井甲、紅杏坊、社甸甲、百果圍和烏蓼沙。民國元年（1912），嘉應州改為梅縣后，縣城仍轄東街、西街2堡。民國20年（1931），由堡改為區鄉，縣城轄地有附城鎮、城內、忠孝里、百果圍、黃坭墩、紅杏坊、下圣母、烏蓼沙鄉。民國26年（1937），梅縣整編區鄉，縣城稱為梅城鎮。1949年5月梅縣解放，在設置新政區時，縣城仍稱梅城，政區則稱城內區。1950年3月，復稱梅城鎮。1958年9～11月，實行公社化，梅城鎮改稱梅城衛星人民公社。1959年1月改名梅城人民公社。1975年8月，梅城鎮改為梅州鎮（仍隸屬梅縣）。1978年12月，梅州鎮從梅縣分出，由區級升格為縣級，改稱梅州市，隸屬梅縣地區管轄。1982年，梅州市基層政區設東區、中區、西區、南區4個辦事處和東郊、西郊、江南、梅江4個公社，下轄32個居民委員會、29個生產大隊、395個生產隊。1983年6月，梅縣和梅州市合并，稱梅州市，同年9月改稱梅縣市。縣、市合并后，江南公社撤銷，并入南區，在城區設南區、東區、中區、西區。1983年11月，人民公社建制撤銷，恢復區鄉村建制，取消人民公社名稱，基層政權以原有公社改為區，設區公所。生產大隊或聯隊改為鄉，設鄉人民政府；按農民居住聚落點和自然村建立村民委員會，作為基層群眾性自治組織。梅縣市共設31個農村區、4個市區街道辦事處、1個直轄區級鎮；區以下設271個鄉、10個鄉級鎮、34個居委會；鄉以下設849個村。1987年4月，區、小鄉建制被撤銷，改設鄉（鎮）制。梅縣共設10個鄉、22個鎮、4個市區街道辦事處（8月增設北區，共5個市區）。下轄451個村、61個居民委員會、5395個村民小組。1988年1月，廣東實行市管縣體制，梅縣地區改為梅州市；3月，梅縣市建置撤銷，原梅縣市的行政區分設為梅縣和縣級梅江區，梅江區由原梅縣市城區5個辦事處（金山、東山、黃塘、五洲、江南）和城郊5個鄉鎮（城北、東郊、西郊鄉和長沙、三角鎮）組建而成，為梅州市直轄縣級區，治所在梅城江北仲元東路51號。1989年，黃塘辦事處因城區有上黃塘、下黃塘、黃塘居委等名稱，容易混淆，經省政府批準，將黃塘辦事處改名城西辦事處。1998年，按省政府規定，理順農村基層管理體制，撤銷管理區辦事處，設立村民委員會。全區5個農村鄉鎮60個管理區辦事處改設60個村民委員會。1999年，經省政府批準，撤銷城北鄉、東郊鄉、西郊鄉建制，設立城北鎮、東郊鎮、西郊鎮。2002年7月，經省政府批準，梅江區部分鎮、辦行政區劃進行調整。撤銷東山街道辦事處、東郊鎮將其行政區域并入金山街道辦事處，撤銷西郊鎮、城西街道辦事處，設立西郊街道辦事處，撤銷五洲街道辦事處，將其行政區域并入城北鎮。調整后，梅江區轄長沙、三角和城北3個鎮和金山、西郊、江南3個街道辦事處，下轄54個村民委員會和38個社區居民委員會。2012年9月23日，經省人民政府同意，省民政廳印發《廣東省民政廳關于同意梅縣西陽鎮劃歸梅州市梅江區管轄的批復》，同意梅縣西陽鎮劃歸梅州市梅江區管轄。調整后，梅州市梅江區轄長沙、三角、城北、西陽4個鎮和西郊、金山、江南3個街道辦事處。至2023年底，梅江區轄長沙、三角、城北、西陽鎮4個鎮和西郊、金山、江南3個街道辦事處，下轄81個村民委員會和48個社區居民委員會。